이제까지 기술한 바와 같이 약물에 따라서는 비슷한 성분이라 할 지라도 제형마다 생체 이용률이 다르게 나타나므로 제제를 변경시키면 혈중농도가 크게 변할 수 있다. 특히 초회 통과 효과가 큰 약물의 경우 약물의 투여량과 혈장농도의 증가가 비례하지 않을 수 있기 때문에 많은 주의를 요한다. 더욱이 혈중약물 농도가 비슷하다고 해도 개개인의 약물수용체의 다형성 등 때문에 약물 반응이 다르게 나타날 수 있으므로 일단 환자가 안정화되고 부작용 등이 없다면 제형이나 제조회사를 변경하는 것은 바람직하지 않다. 현재 국내에서는 의약분업의 실시와 함께 대체조제 허용 문제로 많은 논란이 일고 있다. 이번에 우리 나라 식품의약품 안전청에서 개정 고시한 의약품 동등성 시험 관리지침에서 개정 고시한 의약품 동등성 시험 관리지침에서 생물학적 동등성 실험대신 시험관 등 생체 외 실험만으로도 대체조제가 가능할 수 있도록 근거가 마련되어 있다. 선진국에서도 비용과 시간이 절약되는 시험관 비교용출 실험으로 생물학적 동등성 실험을 대체하려는 많은 노력들이 있어 왔으나, FDA는 대부분의 약물, 특히 시험관 용출실험과 생체 이용률 사이의 상관관계가 거의 없는 속효성 정제나 캡슐제제에 대해서 생물학적 동등성 실험을 하도록 요구하고 있다. 또한 FDA는 자신들이 매년 발표하는 대체조제 가능 약물 목록이 절대적인 의미를 갖는 것이 아니며, 환자 치료에 대한 진료의사의 전문적인 지식과 판단을 바탕으로 대체조제 목록을 적용해야 한다고 강조하고 있다. 대체 조제는 대부분의 의약분업 국가에서 경제적 비용을 경감시키고자 약효 동등성이 입증된 약들을 대상으로 허용하고 있지만, 한 가지 original 약품에 대해서 수십가지, 심지어 백여 가지의 복사품이 범람하는 국내의 현실에서 생물학적 동등성 실험이 전혀 행해지지 않은 채 의사의 사전동의 없이 대체 조제가 허용될 경우 환자의 건강을 심각하게 위협할 수 있다. 대체 조제의 허용은 환자의 건강보다 경제적 측면이 강조된 것으로 환자를 위한 가장 바람직한 치료는 의사의 처방에 따라 환자가 동일한 약물로 지속적으로 치료를 받는 것이다. 대체 조제를 허용할 경우에는 선진 의약분업 국가들과 같이 필요한 생물학적 동등성을 실험을 하루 속히 시행하고, 동등성이 입증되지 않은 약물에 대해서는 과감한 정비를 해야 하며, 무엇보다 환자 치료의 주체이자 전문가인 의사들의 경험과 판단이 우선되도록 제도적 장치가 선행되어야 할 것이다.